施工合同争议主要由下列几类：
一.工程款支付争议(此项争议大约占了法院受理工程案件的80%)
二.合同效力争议
三.合同解除争议
四.工程质量争议
五.造价结算争议
六.工程款欠付利息争议
七.垫资争议
八.工期争议
九.保修及退还保修金争议
一.建设资金准备不足或资金被挪用。
1.商业性质的房地产开发：一般开发商只准备工程前期的部分资金，其余的建设资金主要通过银行融资、房户的预付款的收取及承包方垫资等方式来获得。即使这样，哪一种方式都无法保证建设资金能够及时支付。
2.政府公共建设工程：这类工程拨款进度常受政府办事效率的牵制，有时专项资金会被挪用，有些会因城府部门未按合同拨付，致使最终“烂尾楼“的出现。
二.发包过程中不法行为遗留的后遗症。
1.在建设工程招标程序中出现的不法行为，对参与投标的施工单位的资质没有把关到位，此时无相应资质的承包方通过挂靠的方式来通过资格的预审。
2.在招投标程序中串标、泄露标底等行为的出现，致使建设工程款项被人为地抬高或压低，待工程竣工之时发生关于公平的争议。
3.发包工程的肢解所产生的纠纷。发包方缺少业界责任心，将一个工程明里发包给一个承包单位，而暗里却又将工程分割成若干的部分，指令发包给了几个承包人，致使工程建设缺乏应有的统筹和协调，必定会在工程结算时产生争议，从而引发工程欠款。
三.合同双方权利失衡：买方市场之下，建设工程发包方滥用市场优势。
多数发包方为赚取更大利益而对承包方提出一些不合理的要求，承包方在知道要求不合理的情况下为市场生存也得逆来顺受，履行中却产生了许多的争议。
四.纠纷因施工企业及关联方因自身原因导致。
1.非法挂靠;
2.非法转包、违法分包;
3.工程转包和分包中的盘剥现象严重，实际施工人约定取得价款较工程成本要低；
4.建设工程相对人法律意识淡薄，风险意识比较差，不晓得维护自身的正当利益；
5.建设工程项目的管理不正当，表现混乱，引发了诸多的劳资纠纷；
五.人为纠纷：因缺乏有效地诚信机制导致的。
此乃建设工程领域中的大害，因其产生的纠纷多表现为发包方在竣工验收、工程决算及工程款项的欠付，甚至是毫无根据的拖欠等方面产生的人为纠纷。
一.法院多措施处理好工程合同纠纷案件。
1.严格按照规定来审理合同纠纷;
2.做好建设工程合同纠纷方面的调节工作;
3.完善审判机制，加强审判监督力度;
4.配合行政管理部门，形成合力监督机制。
二.全方位联动，减少建设工程合同上的纠纷。
1.加强政府监管职能，建立合同管理系统，健全对施工主体的审查制度;
2.加强承包资质管理，杜绝非法转包和违法分包;
3.加强施工企业的工程项目管理，加大力度维护建设工程相对人的合法利益;
4.加大工程建设规范性宣传和培训力度，努力构建良好的建设秩序;
5.建立建筑施工企业淘汰制度;
6.建立社会信用体系及信用公示制度。
